朱元璋营建这座南京城全长三十点六七公里，高十四到二十一米，城基宽十四米左右，顶宽四到九米，全部用砖石砌成。城的规模宏大，把六朝的建康城、石头城和南唐的金陵城统统包括在内，并向东、向北扩展，依山临江，气势雄伟，构成十四世纪世界上第一大城。城垣南北长，东西窄，周垣曲折，不拘泥于我国历代方城的传统规格。它西南以南唐的金陵城为基础，使内外秦淮河流贯于城内外。城南面倚聚宝山（雨花台），东面扩到钟山西麓，把富贵山、覆舟山、鸡笼山都圈入城内，然后沿后湖西岸向北绕过狮子山南下，依马鞍山、清凉山等西部低丘作西界。开诚门十三座，其中以聚宝门（今中华门）、通济门、三山门（今水西门）最为宏伟，均有四重门券的瓮城。聚宝门上建有高大的城楼。城门上有千斤闸。城墙上没有二十三个藏兵洞。直到今天，我们还可看到它的雄姿。今南京城墙除部分拆除外，经实测尚存约二十公里，当作为古迹保存下来。
南京城里的皇城，在填平北部的燕雀湖而成的一块平地上。皇城作正方形，内有宫城。皇城以一条南北的中轴线为全城的骨干。南以正阳门（今光华门）为起点，经洪武门、承天门到午门，建一条宽直的大街。午门外，左太庙，右社稷坛。从午门经内五龙桥到奉天门，即进入宫城。从宫城的北门后宰门到玄武门出皇城，北去便是南京城的太平门了。皇城的两侧为东华门与西华门。东华门正对着南京城的朝阳门（今中山门）。这座皇城后来统称为明故宫，清咸丰年间毁于兵火，今天只能看到午朝门、内外五龙桥一些遗迹了。
朱元璋建成南京城后，又在它的外围营建外郭。外郭把聚宝山、钟山、幕府山等都包纳在内，全长约六十公里，以土垒成，开十八个城门。这座外郭早已被毁，只留下一些城门名称作地名，例如江东门、安德门、麒麟门、姚坊门（尧化门）等。
明初建都在南京共五十三年（1368-1421年）。明成祖朱棣于1421年迁都北京，南京还一直保持“留都”的名义。明代在南京有许多重大的建树和兴革：在全城中心的高地上置钟楼和鼓楼，用来报京城时刻；在鸡笼山建观象台，观测天象；在鼓楼东南建国子监，接受国内“贡生”几千人和外国留学生，其中有日本、高丽、琉球、暹罗等国来华求学的士子；把宋元以来江南各地的木刻书版，集中在国子监，多次印刷发行，号称“南监本”；明成祖永乐年间集全国著名文人于南京，编成一部庞大的百科全书《永乐大典》；兴建龙江宝船厂于秦淮河入江口三汊河，派郑和率大型船队七次下西洋。今天在牛首山南麓还有郑和墓。那时外国王室和使臣到南京来的。不绝于途。泥国（今文莱一带）国王来访期间不幸逝世，明成祖以王礼葬之于安德门外石子冈，即泥国王墓。
南京在六朝时就已有丝织业，宋元更有很大的发展。明代所产的缎子、罗纺、云绢、表绫等，都行销国内外，官营的织造局，还有民间的“机户”，聚集在聚宝门左近。至于明代的百工货场多有特定的区市，例如皮市街、弓箭坊、织锦坊以及三山街的刻书坊铺等。那时秦淮河两岸为商业区，画船萧管，灯火甲天下！沿长江设大胜关、上关和下关码头。长江上游的桐油、麻、茶叶、瓷器和木材都在此装卸，拆入内河，因此三山门成了南京的水陆码头。据洪武二十四年（1391年）统计，都城人口为四十七万三千二百人。
朱元璋死后，葬在钟山南麓的独龙阜，称为孝陵。孝陵建筑范围广阔，沿山筑皇墙二十二点五公里。墙外设孝陵卫，置官兵数千人保护。陵前神道呈“之”字形伸展，两侧排列石兽、望柱和石像，硕大朴拙，生动有力。陵前有神功圣德碑，通称“四方城”。碑高近十米，为南京现存最大的古代碑刻。陵园有“宝城”，城下中部为券顶隧道，拾级而上，颇为幽邃。至今这些建筑都还保存着明代的原物。在钟山之北，还有徐达、常遇春、李文忠等明初功臣墓地，形成拱卫孝陵的一组附葬墓群。
在孝陵原址本来有座灵谷寺，为建陵墓而迁往东郊现址。寺的规模宏大，现存的无量殿为明初所建，全部用砖砌成的拱式建筑，分作五楹，飞檐挑角，巍峨如宫殿，故又称“无梁殿”。其后的灵谷塔系1929年所建，为北伐阵亡将士的纪念塔。明初在聚宝门外的报恩寺，有明永乐年间所建的报恩寺琉璃塔，为南都一大巨观。此塔矗立四百多年，可惜在清咸丰年间战争时毁坏了。
明末清初是社会变动异常剧烈的时代，南京是当时东林党后继者“复社”名士们聚集的中心。清兵南下，很快占领南京，结束南明王朝，统一全中国。这时有以龚贤为代表的“金陵八家”画家。龚贤在清凉山麓的半亩园和扫叶楼从事创作，抒发爱国主义的情怀。孔尚任的名著《桃花扇》就是以在南京的南明王朝为历史背景写成的传奇。后来，著名小说《儒林外史》作者吴敬梓，也是以南京景物为素材而成书的。
1851年，洪秀全率领太平军从广西起义，以破竹之势席卷南方各省。1853年攻取南京，定都为“天京”。当时的天京被称为“东方革命风暴的中心”。太平天国在大京前后共十一年（1853-1864年）。洪秀全在城里所建的天王府，是利用清两江总督旧址加以扩建的，分外城（太阳城）和内城（金龙城）两组建筑，中有宏丽的金龙殿，东西两侧有二十四间朝房。其后天王府虽被清兵焚毁重建，但西花园的石舫依然为当年旧物，朝房也大体如故。辛亥革命后，孙中山先生曾将天王府西侧平房作临时大总统办公处。以后蒋介石也利用天王府作“国民政府”和“总统府”。
孙中山先生在1912年就任临时大总统于南京，并定都南京。他对南京地理形势总的评价是：“南京位置乃在一美善之地区，其地有高山，有深水，有平原，此三种天工钟毓一处，在世界中之大都市诚难觅此佳境也。”他做临时大总统只有短短的三个月就被迫辞职，但在南京却留下深刻的影响。1925年他在北京病逝后，于1929年葬于紫金山的南坡。这座名闻中外的中山陵依山而建，气势宏伟，庄严肃穆。
1927年国民革命军从广州北伐，攻取南京。不久，蒋介石背叛了孙中山的“联俄、联共、扶助农工”三大政策，清洗了北伐斗争中的中国共产党人。在蒋介石反动统治期内，有十乡万革命工农和爱国志士牺牲在雨花台。共产党人恽代英、邓中夏、罗登贤等烈士就是在雨花台英勇就义的。建国后，为纪念革命先烈，在此兴建烈上陵园，树立了雄伟的“死难烈士万岁”纪念碑。在陵园正门，有雄伟的革命烈士的石雕群像，是人们凭吊忠魂、追思英烈的地方。
抗日战争时期，南京沦陷，死于日军大屠杀的南京平民达三十万人，今江东门留有“万人坑”。抗日战争胜利后，蒋介石还都南京，不久就发动了内战，遭到全国人民反对，这时南京工运学潮彼伏此起，一浪高过一浪，周恩来同志领导的中共代表团在南京与国民党进行斗争，梅园新村一时成为斗争的堡垒。今天梅园新村已建立纪念馆，供人们瞻仰。
南京于1949年4月23日解放。三十多年来，这座名城换了人间，已从过去为官僚资产阶级服务的消费城市，转变为一个初具规模的社会主义城市。
南京市现辖江宁、六合、江浦、溧水、高淳五个县，1982年全市人口近四百五十万，市辖区人口二百一十多万。南京的建成区面积从1949年的四十二平方公里扩大到1978年的一百一十六平方公里。
南京地处华东地区水陆交通要冲。京沪和宁铜两条铁路在此接轨。自1968年建成长江大桥后，直接沟通了大江南北的铁路和公路交通。长江又是南京的水上交通干线。建国后对南京港不断扩建改造，现在从板桥到栖霞的“百里港区”，修建护岸工程，增设码头仓库。它的吞吐量每年已达三千万吨以上，是长江沿岸的第一大港。但南京港系内河型结构，万吨海轮难以入港停泊，1981年决定开辟新生港圩区，1985年建成八个万吨级深水泊位，南京港从此成为一个开发长江“黄金水道”的我国内河最大外贸港。
建国后南京工业有很大的发展。南京已建设成一座门类比较齐全、布局大体合理的综合性工业城市。
南京的工矿企业可分为三大片。
城区的东北方，从去上海的铁路以北直到长江北岸的大厂区，分布着六十余家大中型企业，以石油化工为主体，兼有钢铁、动力工业。前身为永利厂的南京化学工业公司，年产化肥一百万吨以上。金陵石油化工总公司为全国第二大型石油化工联合体。其中1965年建成的南京炼油厂，年加工能力可达六百万吨。新建的南京烷基苯厂，是我国目前最大的洗涤剂原料厂，产量占全国生产洗衣粉原料的百分之六十。栖霞山化肥厂年产合成氨能力为三十万吨。江南、中国两家水泥厂年产水泥二百万吨。
在城区西南方，分布着钢铁、煤炭、有色金属等采掘、冶炼工业。凤凰山、吉山、梅山等铁矿年产铁矿石一百三十万吨。谷里、九华山铜矿和铝锌锰矿也有一定规模。由第二钢铁厂与长江北岸的南京钢铁厂组成的钢铁企业年产铁、钢锭、钢材数十万吨。
在市区和近郊分布着机械、电子、军工、轻纺和工艺美术等行业的近千家企业，现已能成批生产汽车和各种机械、冶金设备。南京的光学仪器工业在国内居于领先地位，电子工业亦名列前茅。全国第一个通讯卫星地面站在南京建成。此外还有纺织、食品工业和工艺美术等行业。南京传统的云锦、天鹅绒、刺绣、雕刻等更是享誉四方，远销国外。南京现已拥有工矿企业两千一百多家，工业职工达六十万人。
建国后，南京的文化教育事业有很大的发展，现有南京大学、南京师范大学等二十三所高等院校，还有中国科学院的一些研究所。位于钟山第三峰的紫金山天文台是我国最大的天文台，拥有各种现代化的科学设备，保存着一批我国古代的天文观测仪器。此外，还有全国著名的南京图书馆和南京博物院。全市中小学教育也铰发达。
南京的城市建设，建国后有很大的发展，市区面积已扩大了一倍多。市内以新街口、鼓楼、三山街为商业区，构成“经四纬八”的马路骨架。城市绿化搞得比较好，绿地覆盖率达百分之三十点一，高于国内大多数城市。今后，南京将以紫金山、玄武湖、雨花台、清凉山、莫愁湖为基地，构成环状风景绿带，充分发挥南京山、水、城、林的优势，把南京建设成为经济繁荣、文教科技事业发达、环境优美、有古都特色的社会主义现代化城市。
根据1983年公布的“南京城市建设总体规划”，以市区为主体，由内向外按地域分为五个圈层。第一圈层是以新街口一鼓楼为中心的市区。到本世纪末，市区人口控制在一百五十万，面积一百二十多平方公里。第二圈层是为控制市区规模、保护市区环境的绿地带――蔬菜副食品基地和风景游览区。第三圈层主要安排以石油化工、冶金、建材为骨干的基础工业，由沿江卫星城龙潭、栖霞、板桥、大厂镇和浦口、浦镇等组成。第四圈层为乡村的农田山林。第五圈层是以县城为中心的县镇和集镇。这样布局将以南京市区为中心，与卫星城镇组成经济文化网络，与郊区乡村有机联系，协调发展，建成有高度文明的社会主义新南京。
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