从13世纪后半期到17世纪中叶，也就是从元初到明末的3个多世纪中，随着生产的提高，商品经济日益发展。在贵州地区，明嘉靖时，“夷、汉不问远近，各负货聚场贸易”。这种聚场贸易的市集。每场间隔日期长短不一。有隔3、5天，7天或10天为一场的市集，已遍布贵州交通比较方便的各地，有的还在此基础上逐渐形成为商户聚集的乡镇。有的卫所地区甚至一天一集，热闹非凡。附近的各族人民“日负薪炭，米豆，竹木，牵逐牛豕来卫、市如云集，朝至暮归”……云南曲靖地区“郡中夷、汉杂处，列屋于府、卫、州、县之近者，大低多汉、武人，相竟以刀锥之利”。广西南丹地区的俗谚“土官进城，骡马驮银”。大发横财的商人在土司地区通过不等价交换和高利贷（子母钱）盘剥，兼并土地，成为新兴的地主。据记载，在广西，商人“稍以子母钱质其产，蚕食之，久之，膏腴地皆为所占”。使得原来的领主经济结构遭到了破坏。土地的典当买卖，部分领主因各种原因走向破落，以及一部分地区率先实行“改土归流”，以朝廷派遣的流官代替世袭的土官，削弱或剥夺了他们在政治上对土民的统治，农奴对领主的依附关系逐渐有了变化，使得这些地区的地主经济逐渐有了发展。
散居各地的百夷，如邓川州（今云南省洱源县）罗颐川的羊塘里48村，原来随土官始祖阿这归附而来，编为一里，后来由知州周文化“将本里田尽同十一里民编差”。明嘉靖时，宾川“其种田皆是百夷，百夷有信而懦弱，佃租之利，皆为江右商人饵诱一空，故人无厚蓄”。云南景东府焚夷土官头目阿骇自携其属民迁到迷易住种以后，到1610年（明万历三十八年）前后，土官贤姓已“专理巡捕，管束八百户夷而已”，其他“白夷人头裹黑帕，戴笋箨尖帽，以佣田为生”。表明不少夷人居住地区已进入地主经济的发展阶段。
在广西僮族地区，当西部建立土官统治、处于封建领主经济之际，在东部没有设立土官的地区，封建地主经济逐渐有了发展。即使在土官地区，在明代也有少部分地区出现了改流的情况。如龙州土官家族中人赵楷自有领地31个村，为扩大势力，企图兼并龙州土知州的领地，于1537年（明嘉靖十六年）袭杀土知州赵宝。在此官族间互相兼并、争夺的过程中，明朝广西都御史蔡经及副使翁万达、田汝成设计捉拿赵楷，并杖毙之。“乃以十三村还龙州，十八村立县治，附太平府（今崇左县）”。乘机削弱龙州赵氏土官势力，将一部分原属土官统治的地区改划为流官县的统治，使地主经济在封建领主经济的环境中获得了发展滋长的条件。1413年（明永乐十一年），在贵州东部的苗、洞族地区废除思州、思南二宣慰司，并于那里设思州（今岑巩县）、思南、镇远、铜仁、石阡、黎平、乌罗（今松桃县西）、新化（今黎平县东北）等八个流官府，取消了作为土官封建领主势力。
1476年（明成化十二年），将贵州程番长官司（今惠水县）改设为程番府，由于“府治新设，征役颇繁”，番民（仲家等）相率逃亡，土官贪图遗留之田，所以也不予禁止，“善政者蠲其定负，省其征徭，还定而安集之”。遗留的田地，可以出售给迁入的地主和农民，也可以免除租赋徭役，使番民返回耕作，他们的地位已不同于过去的农奴身份。居住比较分散的苗族，其中有的属于当地土官统治之下，也有的僻居深山，不受任何管辖，还有一些“近省界者为熟苗，输租服役，稍同良家，十年，则官司籍其户口，息耗签于天府”。所谓“熟苗”，显然是编户为民于官司与汉民无异的普通居民，他们已融入当地的封建地主经济结构之中。
第二节土司制度对南方各民族的统治
土司制度是一种封建的地方政治制度，是中国封建王朝在边疆民族聚居区和杂居地带实行的一种特殊的统治制度，其方法是中央王朝对内属的各民族或部落的酋长（首领）封以官爵，宠以名号，让其世袭统治原有的各民族人民，中央王朝只通过这些各民族的首领进行间接的统治；同时又规定各民族首领必须承认其为中央王朝统治下的一部分，并听从中央王朝的征调，按期缴纳一定的贡赋，即承担一部分政治、经济、军事等方面的义务。土司制度创始于元，而完成于明。“诸蛮夷朝贡，多因元官授之，稍与约束，定征徭差发之法……皆因其俗使附辑诸蛮，谨守疆土，修职贡，供征调，无相携贰。有相仇者疏上，听命于天子”。土司制度与当地各民族的社会发展基础是相适应的，在南方各民族地区普遍推行，对南方各民族社会有着巨大的影响。
一、土司制度的渊源
土司制度渊源甚早，起于秦汉，中经魏、晋、南北朝、隋、唐、宋时期的不断变化，至元代正式形成为土司制度，明代则臻于完善，清代改土归流以后始日趋衰微。
土司的设置，“在于羁縻”。即源于中央王朝最早实行的羁摩政策。秦汉，“西南诸蛮，有虞氏之苗，商之鬼方，西汉之夜郎、靡莫、邛、莋、、爨之属皆是也。自巴、夔以东及湖、湘、岭峤，盘踞数千里，种类殊别。历代以来，自相君长。原其为王朝役使，自周武王孟津大会，而庸、蜀、羌、髳、微、卢、彭、濮诸蛮皆与焉。及楚庄王滇，而秦开五尺道，置吏，沿及汉武，置都尉县属，仍令自保，此即土官、土吏之所始歌”。秦朝在统一全国后，首先在南方民族地区设立“道”的特殊行政机构，汉沿秦制，继续在南方民族地区推行郡县统治之法，设立许多郡和属国都尉（边境的郡），郡下和属国都尉下又设若干县。但“初虽有郡名，仍令其君长治之”。实际就是中央王朝对各民族首领建立间接统治的土司制度的缘起。
两汉的羁縻郡县制的统治方式为三国、两晋南北朝各代王朝所沿袭。在三国时魏、蜀、吴皆采用羁縻郡县制以统治各自辖区内的南方各民族，尤以蜀国最为突出。蜀提出了“西和诸戎，南抚夷越”的处理民族问题的总方针，比较完好地处理了复杂的民族问题。同时又任用“蛮夷君长”来管辖民族地区的事务。南中“军资所出，国以富饶”。南中成为蜀国北伐曹魏的物质供应基地。魏、吴也同样争取到了各自辖区内各民族的支持。魏、蜀、吴三国推行羁縻统治的成功对后世土司制度的形成发生了重要的影响。
两晋南北朝时期，南方民族关系更为复杂，两晋、南朝的统治者仍沿袭羁縻统治之法。唐代周边各民族众多，在南方有总称为南蛮、西南蛮诸族，根据前几代对南方民族的统治方法和当时南方民族的具体情况，仍然采取羁縻统治之法，但唐朝的羁縻统治又有所发展，即将秦汉、三国两晋时期的羁縻郡县制和即其渠率而用之的制度改为羁縻府州县制。唐代的羁縻府州县制是在贞观年间正式成为统治南方民族地区的地方行政制度。“唐代羁縻府州，约八百五十六”。其后或“叛”或“并”，所设羁縻州县数不一。在设羁縻州县的同时，又授予各民族的“豪帅”以各种官职名号。如武德元年（618年）牂州蛮首“谢龙羽遣使朝贡，授龙羽牂州刺史，封夜郎郡公”。武德四年（621年）俚帅冯盎归唐，高祖即在其地设8个羁縻州，授盎为总管，盎子智戴为春州刺史，智彧为东合州刺史等。唐朝在授予豪帅官职名号的同时又赐予名目繁多的虚衔，有云南王、归昌王、冥义王等。上述名号虽是一种虚衔，但却为元明土司制度中官阶的制定开创了先例。
宋代对南方民族仍然采用“蛮夷之俗，羁縻而已”的绶抚政策。在南方各民族地区设立羁縻州、县、峒，并推其雄长（豪帅）为州、县、峒的统治者，称为土官。因此，有人将宋代的这种羁縻州、县、峒的统治制度称之为土官制度。
宋代在“西南溪洞诸蛮”和“西南诸蛮”的南方民族地区，凡其首领归顺者，皆设州、县、峒，以其归顺的首领为州、县、峒的长官。宋代的羁縻州县主要集中在广南西路、成都府路、夔州路、荆州路，计200以上。凡属羁縻州、县、峒，阔狭不一，一般都不大，但无论大小均“推行雄长者为首领”，即州、县、峒的长官，如建隆四年（962）以彭允林为溪州刺史等。宋朝在任用土酋为地方长官——土官以后，又患土官势力的增强，因此采取了对土官进行限制的措施，如将势力较大的土司调离本土，与前代有所不同的是，中央王朝可将土酋调离本土，可见宋朝对羁縻统治地区土酋的控制加强了。又如不许土酋自立职名，凡土酋自立的名号，宋朝一律不予承认。“夔州路降蛮首领皆自置职名，请因而命之，上不许”。并制定“条制”加以控制土官，“咸平中，转运使了谓招抚蛮人，每有诚谕，并歃血为盟，置铁柱以志其事，条例甚多”。
宋朝委任的羁縻州、县、峒的土官皆为世袭，因此又对土官的承袭制定了一套具体的规定。规定凡土官死后，只须当地民族及所属首领联名上报，请求原土官之子、侄或亲党承袭，朝廷发诏批准即可，“申铃辖司以闻，乃赐告、印符，受命者隔江北望拜谢”。
宋朝对设羁縻州、县、峒地区土官的土地制度并不去改变，而是加以保护。但在土官与中央王朝的关系方面制定了贡纳制度。归附后的土官必须按例定期遣使或亲赴京师进贡土特产品。贡纳制度对贡物的种类、数量、入贡人数、入贡次数、入贡办法都有具体的规定。贡物数量少则数十，多则数百数千。975年（宋开宝八年），“三十九部顺化王子若废等……贡丹砂千两”。998年（咸平元年），“古州刺史向通展以芙蓉朱砂二器、马十匹、水银千两来献”。入贡人数经常是数百上千人。999年（咸平二年），“西南夷王龙汉遣使龙光典又率牂牁诸蛮千余人来贡”。1002年（咸平五年），“汉又遣牙校率部蛮千六百人、马四百六十匹并药物布帛等来贡”。1012年（大中祥符五年），“夔蛮千五百人，乞朝贡”。由于入贡人数众多，且有不断增加之势，宋朝制定了一套具体的入贡办法：首先是人贡要先“注籍”，即入贡先须履行登记造册的手续。其次是入贡须按年限，人员按定额，“诏五姓番五岁听一贡，人有定数，无辄增加”。同时又对入贡成员沿途的待遇、皇帝的接见、赐物等都有规定。
综观宋代羁縻州县峒制度的土官统治形式、内容，即对土官的设置、土官的承袭、土官的贡纳、土官之间矛盾的解决方法以及对土官的控制等规定，都比以前各朝的羁縻统治有了很大的发展。
二、土司制度的建立、完善与衰落
元、明、清三代对南方各民族的统治都是实行土司制度。土司制度的建立从中央王朝来说是因南方民族地区民族情况复杂，各地各民族政治、经济、文化发展水平又很不平衡，并且大多处于边远的边疆地区和交通不发达的偏僻地区，中央王朝只好采取顺民性、省民力的统治原则，即对社会发展水平极不一致的，又保有特殊风俗文化的民族地区，不以内地的统治方式、礼教去对待、去治理，而采用对这些民族归附的首领授予一官一爵，让他们去统治原有地方和原有民族，是中央王朝对各民族地区的间接统治。从南方各民族自身来讲，土司制度的建立则是由于经过宋及以前各代的羁縻统治，各民族社会经济有了较大的发展，到元代时各民族社会大多进入了奴隶制、封建农奴制的发展阶段。这种经济结构正是分散割据统治的土司制度赖以存在的经济基础。元、明、清三代的土司制度正是在适应了这种经济基础的前提下建立起来的。
土司制度可以分为三个时期：（一）土司制度创建初期（元代）；（二）土司制度完善时期（明代）；（三）土司制度衰落时期（清代）。下面加以分别叙述之。
（一）土司制度创建时期（元代）
元朝时期是中国各民族社会发展较快的时期，特别是南方各民族经过与汉、唐、宋各代王朝在政治、经济、文化诸方面的不断来往后，社会发展很快，而元朝又是对南方民族地区统治最深入的一个朝代，因此元朝在总结汉、唐、宋各朝羁縻统治的基础上，将其向前发展。元朝为了克服汉唐宋羁縻统治虽设郡、府、州、县、峒和土官，而土官统治区又形同一个独立王国，始创蒙夷参治之法，官有流土之分，而土官之地又为中央王朝行政区划之一的土司制度。元代土司制度无论从内容到形式都与以前各代的羁縻统治有所区别和不同。
元代土司制度的统治方式，在元世祖忽必烈尚未统一中原前就开始了。忽必烈在进入云南后，面对西南地区众多而复杂的各民族，如何稳定在西南各民族中的统治便成为能否最后消灭南宋政权统一全国的关键问题。因此忽必烈总结了历代对西南民族羁縻统治的经验，决定采取招抚政策。在平定云南大理政权后，忽必烈立即招降西南各民族，并对能率部归附者，授以各种官职，如宣慰使、宣抚使、安抚使等，使“官吏军民各从其俗，无失常业”。分别招降了云南许多民族。“招降临安、白衣、和泥分地城寨一百九所，威楚、金齿、落落分地城寨军民三万二千二百，秃老蛮、高州、筠连州等城寨十九所”。后来爱鲁、纳速刺丁又招降西南诸国。在招降地区皆授原民族的首领官职，通为世袭，这是元初实行的土司制度。
元朝在统一全国后，开始在南方民族地区普遍建立土司统治。据《元史·地理志》对四川、云南、湖广等行省的记载，共设有大小土司行政机构296处。其中四川行省宣慰司1、安抚司2、蛮夷路3、蛮夷州6、长官司2、土军1、蛮夷千户所1、蛮夷洞15、蛮夷处6、蛮夷寨4；云南行省宣慰司4、宣慰司都元帅府1、宣抚司3、军民总管府25、蛮夷路19、蛮夷州39；湖广行省宣慰司3、宣慰司都元帅府1、安抚司13、长官司5、军民总管府5、蛮夷路19、蛮夷州38、土军2、蛮夷洞16、蛮夷处31、蛮夷寨33。这些土司机构前后有所变化，元朝对土司的设置、任用、承袭、贡赋、义务、征调等都有具体的规定，土司统治制度已经基本创立。元朝土司制度统治的具体方法有如下这样几项内容：
第一，设立各种土司职务。元朝土司官职大者有宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使、长官司诸职。《元史·百官志》载：“宣慰司，掌军民之务，分道以总郡县，行省有政令则布于下，郡县有请则为达于省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府，其次则只为元帅府。其在远服，又有招讨、安抚、宣抚等使，品秩品数，各有差等”。宣慰司之官职又分为五种：宣慰使司——“秩从二品。每司宣慰使三员，从二品；同知一员，从三品；副使一员，正四品；经历一员，从六品；都事一员，从七品；照磨兼架阁管勾一员，正九品”。宣慰使司都元帅府设——“秩从二品。使三员，同知二员，副使二员，经历二员，知事二员，照磨兼架阁管勾一员”。官阶与宣慰司同名官员同。宣慰使兼管军万户府——“每府宣慰使三员，同知、副使各一员，经历一员，照磨兼管勾一员”官阶与宣慰使司同名官员同。都元帅府——“都元帅二员，副元帅二员，经历、知事一员”。元帅府——“秩正三品。达鲁花赤一员，元帅一员，经历、知事各一员”。上述五种宣慰司一级土司机构的官员不完全都是由各民族的首领担任的，间或也有元朝派去的官员，但其机构仍是土司机构。
宣抚司，“秩正三品。每司达鲁花赤一员，宣抚一员，同知、副使各二员，佥事一员，计议、经历、知事各一员，提控案牍架阁一员”。
安抚司，“秩正三品。每司达鲁花赤一员，安抚使一员，同知、副使、佥事各一员，经历、知事各一员”。
招讨司，“秩正三品。达鲁花赤一员，招讨使一员，经历一员”。
诸蛮夷长官事，“西南夷诸溪洞各置长官司，秩如下州。达鲁花赤、长官、副长官”
宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、蛮夷长官司以下还设有蛮夷千户所、洞、处、寨等许多官职，均系专门设在民族地区的土官职名。另外还在民族地区或接近内地的地区设路、府、州、县，同样设置各级土司，路为总管府总管、府为知府、州为知州、县为知县。“至元八年，改威楚路，置总管府”。“元贞二年置云远路军民总管府。大德中置彻里军民总管府”。又在金齿宣抚司下设置柔远路、茫施路、镇康路、镇西路、平缅路、麓川路。“至元二十年，四川行省讨平九溪十八洞，以其酋长赵阙，定其地可以设官者与其人可以入官者，大处为州，小处为县，并立总管府”。所设路、府、州、县大多置各级土官官职。
第二，任用各民族中的豪酋为各级土司土官。元朝比较广泛的任用南方民族的豪酋为土司土官，从宣慰使、宣抚使、安抚使、长官司到路、府、州、县的长官大多以各民族中的豪酋担任，《元史》记载：
宣慰使或宣慰使司都元帅：元朝在云南、四川、广西等地都曾任用豪酋为宣慰使或宣慰使司都元帅。在云南，“至元十八年（1281年）信苴日（白蛮）与其子阿庆复入觐，帝嘉其忠，进大理威楚金齿等处宣慰使、都元帅……子阿庆袭爵，累授镇国上将军、大理金齿等处宣慰使都元帅，佩金虎符”。“泰定四年（1327）八百媳妇蛮请官守，置蒙庆宣慰司都元帅府……以土官招南通为宣慰司都元帅”。“至顺二年（1331）置八百等处宣慰司都元帅府，以土官昭练为宣慰使都元帅”。在四川，于至元十三年（1276），宋朝播州安抚使杨邦宪“奉版籍内附，授龙虎卫上将军、绍庆、珍州、南平等处沿边宣慰使”。后子至元十九年（1292），“以杨汉英为绍庆、珍州、南平等处沿边宣慰使，行播州军民宣抚使、播州等处管军万户”。之职。泰定四年，（1327）“以思州土官田仁为思州宣慰使”。
宣抚使：元代任用土酋为宣抚使的很多，因宣抚司都设在各民族的边远偏僻地区。如“改鬼国为顺元路，以其酋为宣抚使”。后至元元年（1341年），“平代、都云、定云首长宝郎、天都虫来降，即以其地复立宣抚司，参用其土酋为官”。“以叙州宣慰司为叙南等处诸部蛮夷宣抚司”，蛮夷宣抚司的宣抚使也是以土酋担任。
安抚使：元朝任用的安抚使，在四川，有西川都掌蛮得兰纽为都掌蛮安抚使，阿永为西南番安抚使，播州安抚使杨邦宪，思州安抚使田景贤等。西南诸番中有小龙番静蛮军安抚使龙小零、大龙番应天府安抚使龙延三、卧龙番南宁州安抚使龙文求。在广西，有左右江土酋岑世兴和黄胜许分别为沿边溪洞军民安抚使等。
长官司长官：即蛮夷长官司长官。蛮夷长官司有的又称管军民司或蛮夷军民司，“茆、十围、安化等新附洞蛮凡八万，宜设管军民司，以其土人蒙意、蒙世、莫仲文为长官”。“木瓜犵狫蛮夷军民长官”，“卢番蛮军民长官”。实际都是蛮夷长官司的长官。
路、军民总管府、总管府的土官：元朝任用土酋为路、军民总管府、总管府的土官较普遍，在四川有3个路，云南有19个路、25个总管府（或军民总管府），湖广有19个路、5个总管府的官员都是由土司担任。“立亦奚不薛为总管府，命阿里为总管”。“以金齿归附官阿鲁为孟定路总管”。“置车里军民总管府，以土人寒塞为总管，佩金虎符”。《土官底簿》记载人高政的祖父在元朝曾被任用为威楚、开南等路军民总管府的总管。广西土官勿都在元朝曾授予思明路军民总管。又有“改普定府为路，以故知府容苴妻适姑为总管”。
府、州、县土官：元朝任用土酋为府、州、县官员最多，据不完全统计，元朝在四川、云南、湖广等地任用的府、州、县土酋官员就有150人左右。在《元史》中有许多记载。如木来军民府以“其土人马列知府事”，四川大盘洞蛮地“立盘顺府，命谋谷什用为知府”，广西太平州知州李以忠的祖先在元朝曾任过太平府知府。《土官底簿》亦记载：云南的董赐、罗罗人安崇、人高义均皆任过元朝土官知州；云南景东府百夷阿吾曾任过元朝土官知县，人杨益曾任过元朝威楚路广通县主簿；四川土著头人陈隐“元代授思州安夷县知县”；广西赵元佐系元代“本县（崇善县）世袭土官知县”。
元朝还任用土酋担任行中书省的官职，有的土酋被任用担任行中书省的参知政事、左丞、右丞、平章等官职。如信直日“释为云南诸路行中书省参知政事”，后其子“阿庆袭爵”。播州杨邦宪“赠推忠效顺功臣、平章政事”。中书省的官职为加衔的虚职，多不参与行中书省的管理，且不少为“遥授”，如“云南宣慰使土官举宗、禄余并遥授云南行省参知政事”。“以安南国王陈益稷遥授湖广等处行中书省平章政事”。
第三，规定了土司的义务。元朝对所任用的土司都规定必须向中央王朝尽一定的义务，“南方旧有散毛洞，元朝天子早纳贡”。贡赋包括朝贡和纳赋两项内容。
朝贡。按元朝对土司的要求，土司从归附之时起就必须按规定时间朝贡，有一年一次、两年一次或三年四年一次。“命播州每岁亲贡方物”是一年一次。洞蛮进方物“率二岁以上”，邦牙等处宣慰司都元帅府其地在云南极边，“令三年一贡方物”。这是二年、三年一贡之例。除定期朝贡外，还有特殊事件的加贡，如至元三十一年（1294）成宗即位，“云南部长边习四川散毛洞单顺等贡方物”。至大四年（1311）仁宗即位，“金齿诸路献驯象”。“大德二年九月圣诞节，金齿国贡方物”。等即是。对朝贡的人数，元朝则加以限制，每次限定数人，最多也只数十人。至大四年，“思州军民宣抚使司招谕官唐铨以洞蛮杨正思等五人来朝”。至元二十九年（1292），“斡罗思招附桑生猫、罗甸国古州等峒酋长三十一……诣阙贡献”。泰定二年（1325），“平伐苗酋的娘率其户十万来降，土官三百六十人请朝。湖广行省请汰其众还部，令的娘等四十六人入觐”。元朝对土司贡物的品种、数量亦有定额，金、银、丹砂、雄黄、象、马、虎，豹、毡、刀等，土司须按规定数额交纳，并令不许超过限额，“乌蒙宣抚司进马逾岁献额”，即令减少按献额进献。对于土司的朝贡，元朝照例都给予优厚的赐予，赐物种类很多，数量可观。
纳赋。是土司对元朝中央所尽义务的重要内容。在元初设立土官之时，土司地区立赋法，征租赋。早在忽必烈进入云南之初，大理王段兴智降，“兴智与其季父信直福入觐，诏赐金符，使归国。丙辰，献地图，诸番平诸部，并条奏治民立赋之法”。后元将爱鲁于至元六年（1269）征服金齿诸部后，“定其租赋”。至元十六年（1279）另一元将纳速刺丁“以军抵金齿、蒲骠、曲蜡、缅国，招安夷寨三百，籍户十二万二百，定租赋”。纳赋有常赋和增赋两种，云南景甸土官纳“常赋外增输金五千两、银七百两，许之”。纳赋多以金银、粮、布为主。土司是不能拒绝的，否则元朝会采取强征，甚至发兵征讨。因为这是一种隶属关系的表现，它象征着土司对中央王朝的臣服，意味着土司地区归属中央王朝的版图。
第四，规定了土官的信物、承袭、升迁、惩罚的制度。元朝对土司的管理，从土司的任命、承袭、升迁到对土司的惩罚等都有明确的规定。